Bene direi che possiamo gioire e poi oltre a portare un certo risultato l'idea non mi sembra tanto stupida
In merito alle tue domande , sicuramente Marco saprà darti indicazioni più precise di quanto possa dartene io, comunque in riguardo alla protezione del sito, la prima cosa da farsi è tenere sempre aggiornata la versione di Joomla , i componenti, i moduli e i plugin. Il backup periodico è sempre salutare e foriero di vantaggi anche in questi casi.
In quanto a scoprire nel sito il malware non saprei indicarti una tecnica precisa, personalmente in passato ho subito un attacco simile che in pratica aveva inquinato tutti i file index.php del sito. Dopo l'identificazione e l'eliminazione dello script maligno causa dell'inquinamento, avevo posto rimedio sostituendo i files index.php con quelli di un backup pulito. Ma nel tuo caso bisogna capire prima se la cosa si limita ai files index.php o ha interessato anche il DB che sarebbe a mio avviso molto più problematico.