ciao, infatti anche io faccio così li metto sempre nella root solo che è una palla copiare tutti i files ci mette una cifra di tempo e poi qualche volta (anche se raramente) non funziona qualcosa e mi tocca cancellare tutto e rifare tutto da capo come mi è successo oggi che dopo aver installato e configurato tutto vedevo solo il pannello di amministratore ma il sito mi faceva vedere pagina bianca, le ho provate tutte e alla fine sono stato costretto a cancellare e rifare tutto e ora funziona.
Il punto è che io solitamente uso **** che avrebbe l'application istaller per joomla semplice veloce e funziona tutto come si deve solo che non te lo fa mettere sulla root ma solo in una cartella, se io riuscissi a risolvere il problema degli url userei sempre questa applicazione e ci metterei 5 minuti ad istallare un sito senza impazzimenti.. ecco spiegato perché cerco questa soluzione, sempre se esiste.. ti sarei grato se mi mandassi un link a qualche discussione in proposito. grazie ciao
edit: rimosso riferimento commerciale