Ciao,
dipende quali file stai modificando, se è solo il template, fai un backup prima di effettuare l'aggiornamento e poi lo ripristini una volta fatto, ovvio è che se hanno apportato delle modifiche hai file del template, potresti avere dei problemi (dipende dalla natura delle modifiche), oppure puoi usare l'override, cioè nella cartella del tuo template joomla in questo modo :
- /templates/tuo_template/html/com_k2 ed al suo interno inserisci i file che hai modificato.
Oppure ancora l'altra strada è quella di creare un plugin se hai gli skill necessari per farlo, anche li però devi capire poi se si integra dopo un aggiornamento del componente.
La morale è che non è una cosa semplice quando si va a customizzare un componente/plugin o modulo che sia.
Questa è la mia opinione.
Ciao!