Ottimo, fortunatamnte non si tratta di un malfunzionamento, anzi il problema è proprio quello fino ad ora descritto, ovvero che le pagine che apri non sono collegate direttamente al menu di joomla per cui joomla non può gestirne direttamente la composizione. Non so che componente usi per l'e-commerce e come questo gestisca le varie pagine ma devi trovare il modo di collegare tutte le pagine o ogni singola pagina ad una voce di menu nel menu "nascosto" che hai creato. Solo allora joomla le considererà come pagine in cui escludere la pubblicazione dl modulo.
Se vedi infatti le pagine raggiungibili dal menu principale il problema non si presenta.
Dovrai quindi creare - ad esempio - una voce del tipo "componente->elenco prodotti di una marca->nome della marca" oppure "componente->elenco delle marche"