sposta i files dalla sottocartella alla dir pricipale e modifica il file configuration.php
Per aprire quel file puoi usare anche il semplice blocco note, ma io ti consiglio Notepad++ che è un ottimo editor.
Devi modificare i parametri $log_path e $tmp_path facendoli corrispondere alla nuova cartella log per il primo e alla nuova cartella tmp per il secondo.
Esempio:
Se hai Joomla in una sottocartella chiamata "sito",i due parametri potrebbero essere così (dipende dalle configurazioni delle cartelle nel tuo server,è un semplice esempio)
var $log_path = '/home/nomeutente/miodominio.it/sito/logs';
var $tmp_path = '/home/nomeutente/miodominio.it/sito/tmp';
Adesso tu sposti il sito dalla sottocartella alla root del dominio. Quindi i parametri li cambierai così:
var $log_path = '/home/nomeutente/miodominio.it/logs';
var $tmp_path = '/home/nomeutente/miodominio.it/tmp';
Semplicemente togliendo la sottocartella "sito" dall'indirizzo.

Se vedi che non riesci a sovrascrivere via ftp il file configuration.php,cancellalo dal server e carica quello che hai modificato nel tuo pc.