ciao,
io invece ti consiglieri di cominciare a dare una pulita a quel file, dato che mi sembra una che sia una serie di codici copiati qua e là...
comunque la regola che hai inserito in fondo al file non può funzionare proprio perché è in fondo al file, se vuoi attivarla la devi mettere prima del blocco di riscrittura degli url di joomla. la posizione corretta è subito dopo il RewriteEngine on, io metterei anche una RewriteCond, onde evitare che ti metta il .html a chi lo ha già.
se sei in J3, io verificherei se la cosa serve, perché forse è meglio lasciare che sia J3 a gestire il rel canonical, cosa che fa decisamente meglio dei suoi predecessori.
nel caso, in joomla.it dovrebbero ancora esserci alcuni mie articoli su come usare .htaccess per compiti come quello da te richiesto.
ps: io sono abbastanza contrario a componenti come quello citato: perché passare all'application server ciò che può essere fatto al livello di web server? rallenti l'esecuzione, aggravi il lavoro della macchina e hai un componente pericoloso in più dei cui aggiornamenti e sicurezza preoccuparti.
ciao,
marco
