Ciao alithrarion,
credo che sei sulla strada giusta. Sai come gestire l'apertura del popup ? ci sono molti modi e varianti....
Trovato il modo di apertura del popup puoi richiamare all'interno di questo l'articolo dove hai inserito il modulo con il "{loadposition nomeposizione}". Devi però richiamare l'articolo con il suo link naturale di Joomla senza SEF ed aggiungerci la parte finale: &tmpl=component
per esempio:
index.php?option=com_content&view=article&id=10&tmpl=component
in questo caso il numero ID dell'articolo è il 10
Così dovrebbe apparire nel popup solo il modulo che hai inserito nell'articolo. Ma fai attenzione che il modulo abbia caratteristiche di sola lettura e visualizzazione.... far compiere delle azioni ai visitatori sul modulo aperto in questo modo credo sia un poco esagerato