Ciao,
ho avuto lo stesso problema sulla copia locale del mio sito, dove ho aggiornato manualmente joomla dalla versione 2.5 alla versione 3.2 e adesso alla 3.3.
Sul mio sito la "migrazione" (anche se tale non si può definire) dalla 2.5.x alla 3.x non andava a buon fine e quindi ho creato un'installazione pulita di joomla 3.2 dove ho copiato manualmente la maggior parte delle tabelle dei database, così da recuperare tutti gli articoli joomla e k2, menù, moduli, phocagallery ecc ecc. Ho installato tutte le estensioni aggiornate alla 3.x ed eliminato tutte le tabelle inutili perché di componenti, moduli e/o plugin obsoleti.
Per non parlare di mille problemi da correggere sui file php manualmente per renderli compatibili a joomla 3.x, anche su alcune estensioni indispensabili per il mio sito in teoria compatibili per joomla 3.x, altre modificate anche se per 2.5 (uno su tanti la modifica di Jmodel in JmodelLegacy)
Per questo e altri motivi mi sono trovato sul database delle tabelle "non corrispondenti" alla nuova versione di joomla.
Comunque...Adesso che mi sono sfogato......
Basta andare su: Gestione estensioni > Database > Correggi e installare nuovamente l'aggiornamento a joomla 3.3.