Premetto che è 1 anno circa che uso Joomla e non ho mai avuto questo tipo di problema ma oggi ho notato che all'interno dei Permessi cartella avevo il file configuration.php di colore rosso e non scrivibile.
Allora mi sono collegato con filezilla, ho visto che aveva i permessi a 444 (ho sempre saputo che i permessi di lettura, scrittura ed esecuzione dei file vanno settati a 644 e quelli delle cartelle a 755), li ho modificati a 644, sono rientrato nel Pannello di Joomla, ho provato a fare una modifica qualsiasi (ho messo off line il sito), quindi mi sono ricollegato con filezilla e li ho ritrovati a 444.