Al di là di quelli che sono i consigli pratici (che è sicuramente meglio seguire per evitare problemi in futuro) sappi che le risposte tecniche ad ogni tuo quesito sono:
1) Posso farlo senza problemi?
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Si
2) Devo scegliere un prefisso diverso per le tabelle rispetto al sito principale (credo di si)?
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Se il database è lo stesso, si, devi scegliere un prefisso diverso, altrimenti puoi utilizzare lo stesso suffisso se lavori su database differenti
3) Il nome host può (o deve) essere lo stesso?
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Deve essere lo stesso, altrimenti non si troverebbero sullo stesso server
4) Altre indicazioni varie?
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Non seguire i consigli tecnici, segui i consigli pratici (che in parte ti sono già stati dati)!!!