no aspè, stiamo facendo confusione!
con "Disco di destinazione" non si intende il tuo hard disk ma lo spazio web che utilizzi (Che è cmq un Hard Disk seppure virtuale

)
Quindi, avvedi con Filezilla sul tuo spazio web,
cancella tutti i file e cartelle che ci sono,
rimetti poi tutti i file di Joomla! .
Se hai altri dubbi, non esitare.
Ciao