Mi sembra che sia opportuno effettuare un override per far visualizzare la percentuale. Il file da modificare com_viertuemart/views/category/tmpl/default.php è giusto ma bisognerebbe copiarlo e incollarlo nel proprio template \templates\tuo-template\themes\my-theme\html\com_virtuemart\category.
Il path dipende da che template si usa. Io faccio riferimento ad un famose framework non a pagamento.
Io ho utilizzato questo codice:
/* codice per la percentuale */
$product->prices = round(($product->prices['basePriceWithTax'] - $product->prices['salesPrice']) * 100 / $product->prices['basePriceWithTax']);
$vars=$this->currency->createPriceDiv('discountAmount', 'COM_VIRTUEMART_PRODUCT_DISCOUNT_AMOUNT', $product->prices);
$cuur1= str_replace('Kč','%',$vars);
echo $cuur1;
/*fine codice*/
Inserito al posto del discount_amount.