il layout riguarda un singolo contenuto (un'articolo, una categoria, la lista delle categorie) o un singolo elemento (la navigazione, la paginazione, il gruppo info sull'autore, con gli ultimi elementi soprattutto in J3+).
Il template, oltre ad una serie più o meno completa di layout, include, soprattutto da j2.5+, anche il framework, gli smart tag (slide, lightbox, colonne testo,...) e i vari elementi di tipografia (stili, icone, font e css in senso lato).
comunque più che tra template e layout, devi stare attenta alla differenza tra layout di pagina (es: articolo) che è elemento strettamente del template, e layout di elemento (es: gruppo info, tags,...) che è elemento tipicamente di joomla o del framework... perché è qui che corri il rischio di fare confusione.
ciao,
marco