joomla normalmente è uno solo e si installa nella directory principale ...bla bla bla, detto questo...
puoi avere quanti joomla vuoi, dove vuoi e collegato al database che vuoi, basta che sia sullo stesso server.
all'indirizzo
www.miosito.it puoi vederne uso solo, non importa dove ma uno solo.
In pratica la regola del server è di cercare il file index.php all'interno della cartella principale, se interviene un htaccess che modifica il puntamento, andrà a cercare l'index all'interno della cartella che punti.
Puoi anche digitare dopo l'url il nome della cartella e ugualmente vedi quel sito...
Dove lo copi joomla sta, non crea ne aggiunge nulla, l'installazione in pratica genera il db e il file di setup.
Ovviamente devi collegare ogni joomla ad una tabella di db diversa