ciao.
1)
per rimuovere index.php devi attivare l'opzione 'riscrivi url sef' e svuotare la cache di joomla (menù sistema->pulisci cache)
2)
no, non è giusto che .htaccess sia vuoto, ripristinalo prendendolo dal pacchetto di joomla od il sito non funzionerà.
ps: gli indirizzi senza index.php nel mezzo sono più belli e più memorizzabili per gli umani, ma non ti illudere che questo cambi qualcosa a livello di serp: è solo una vecchia leggenda metropolitana!
ciao,
marco