stai utilizzando il seo del core di joomla o terzo?
Tieni comunque presente che anche sef/seo di terze parti e dichiaratamente dedicati alla "leggibilità" delle url hanno spesso problemi con virtuemart.
Sinceramente, se il resto del sito funziona correttamente, non credo proprio che l'htaccess c'entri qualcosa
edit: ho dato una occhiata (se è il sito che hai nella firma). Si. Il seo è quello di joomla e l'htaccess ... NON TI ARRISCHIARE A TOCCARLO!!
Non trovo la strada per virtuemart, però