sono andato a rileggere l'articolo, c'è scritto:
"Scarica il file dedicato all'aggiornamento da Joomla 3.x.x a Joomla 3.2.4, decomprimi il pacchetto di aggiornamento che hai scaricato nel tuo computer.
Collegati via FTP alla cartella tmp del tuo sito Joomla 2.5 e verifica che sia vuota o che contenga solo il file index.html.
Trasferisci via FTP tutte le cartelle ed i file, contenuti nella cartella dell'aggiornamento, nella cartella tmp del tuo sito Joomla. "
Quindi si parla di decomprimere il pacchetto di aggiornamento sul proprio PC per poi trasferire via FTP tutte le cartelle ed i file, quindi per rispondere in modo sintetico e chiaro alla tua domanda: No, non deve essere zippata.