ciao,
ti sei mezzo risposto da solo, nella tua root cancelli tutti i file e li copi i nuovi file di joomla 2.5, per quanto riguarda il database, cancelli le tabelle ed alla nuova installazione ti verranno riscritte, oppure ne crei uno nuovo ed elimini il vecchio, questo a secondo di cosa ti mette a disposizione il tuo servizio hosting.
hola