il codice lo devi mettere in un campo 'custom code' inserito nell'evento 'on load' del set up, non nel codice della form.
dalla v4 in poi i dati della form sono presenti nella hash table $form->data, quindi devi modificare le chiavi di quest'ultima perché la cosa funzioni:
<?php
$user = JFactory::getUser();
$form->data['name'] = $user->name;
$form->data['email'] = $user->email;
?>
ovviamente il campo nome deve chiamarsi 'name' ed il campo email 'email', altrimenti dovrai modificare il codice di conseguenza.
ciao