Eh bisogna smanettarci un bel po, visto che le possibilità per il non funzionamento dello script sono molteplici, partendo da un conflitto dello script con altri che potresti provare a risolvere col il no conflict, passando per il fatto che ci potrebbe essere una classe specifica per il menù in versione desktop e una per il mobile.
Se guardi i vari file c'è già uno script che dovrebbe gestire i menù, si chiama menù.js, bisognerebbe riuscire a decifrarlo e capire dove sta il problema.