Ho anche visto che dopo aver scritto l'indirizzo www, joomla aggiunge /index.php/en/.
Credo che tu debba semplicemente ristabilire la home predefinita.
ma attenzione il problema si presenta sola la prima volta dopo di ché bisogna pulire
la cache del browser.
quando pulisci la cache il problema sparisce? non si capisce bene...
per il menu non visualizzato penso possa dipendere da molte cose, spero possano aiutarti, ma ti conviene specificare meglio
come hai installato le due lingue perchè se il problema coincide con l' installazione della seconda lingua allora probabile derivi da quello.