Guarda, ti dirò, conflitti delle librerie javascript (java è un altro linguaggio) li odio anche io, sono la parte che mi fa perdere più tempo nella realizzazione di un sito, penso che finché non toglieranno definitivamente mootools i problemi ci saranno sempre.
Fai conto che più estensioni esterne usi, e più problemi ti crei, io quand posso le animazioni, slide ecc... se sono fattibili in tempi brevi, creo un modulo o personalizzo override del template. In questo modo riduci il più possibile il quantitativo di Js da caricare.
Nel tuo caso,secondo me, devi capire qual'è il Js che ti rovina lo script, prova a rinominare temponeamente quei file Js che vengono caricati e che non hanno a che fare con l'animazione del sito, tipo caption.js o altri,(in questo modo Joomla non trova il file e non lo carica, una volta che hai capito qual'è il Js problematico, cerchi la soluzione per risolverlo.
Sia chiaro però: rinominare i file Js non è una soluzione, ti serve solo per capire qual'è il Js che ti da fastidio.
La stringa Jdoc da qualche parte c'è sicuramente all'interno dell tag <head> ma non è detto che ci sia scritto all'interno del file index.php, controlla se ci sono degli include o dei require che caricano file php esterni.
