ho provato anche io lo stesso tipo di aggiornamento e non visualizzo errori.
Il mio consiglio è quello di scaricarti il pacchetto di installazione di Joomla 3.3.6, estrarlo sul PC, eliminare la cartella installation e provare a sovrascrivere tutto via FTP sul sito onlie.
Magari si è corrotto qualche file durante la procedura di aggiornamento....