Per forza devi fare a mano! Non è possibile tirare ad indovinare sull'html generato, men che meno su un template.
Ma se sei fortunato il produttore del template che stai usando ha già rilasciato una versione nuova con gli stessi nomi dei moduli; oppure puoi approfittarne per vendere al cliente un restyling, ti prendi un nuovo template responsive che ti piaccia, e poi dalla gestione moduli li selezioni a gruppi poi usi la funzione "batch" per spostarli nelle nuove posizioni, un lavoro di pochi minuti. Oppure puoi passare giorni a fare il tuo primo template responsive, scrivendoti decine di media queries. a te la scelta