Ciao,
che io sappia il tuo sito lo raggiungi solo dal web, tant'è vero che sul web confermi di avere la versione giusta.
Per quanto riguarda
Se utilizzo il pannello amministrativo di Joomla passando dall'host che utilizzo vedo la versione 2.5.27 (anche tramite filezilla)
non capisco cosa intendi per passare dall'host.
Tu devi essere solo sicuro che il tuo sito sia raggiungibile dagli utenti che usano il web.
Se invece hai qualche problema con il pannello di controllo del tuo hosting che visualizza cose "sbagliate" ti consiglio di aprire un ticket con la loro assistenza per verificare che tutto sia a posto.
Ciao!