Per quanto riguarda i css, le regole seguono una precedenza: gli id valgono di più dei tag, che valgono più delle classi; ma se sei in dubbio, e se chi ha scritto i css di base non è un imbranato totale, aggiungi !important alla regola e questa sorpasserà in impoortanza tutte le altre; ad esempio, diciamo che il tuo body abbia un id e delle classi, tipo:
<html class="no-js">
<body id="item-113" class="content article default noblog">
le regole css che seguono avranno effetto diverso:
.article {border-color: red}
body {border:2px dashed green}
#item-113 {border-color:blue}
avremo un bordo di 2px dashed blue. per la questione delle precedenze;
Ma considera la situazione più intricata:
html .article {border-color: red}
html.no-js body.default {border:2px dashed green}
body.default.noblog {border-style:solid}
html #item-113 {border-color:blue}
il bordo sarà blu? lo stile sarà solido o tratteggiato? ecco che arriva !important alla riscossa:
body {border:0 !important}
e passa la paura! Poi se vuoi farti un regalo, inizia ad usare less o sass per precompilare i css.
Veniamo all'altro aspetto: quale file modificare; a parità di selector css, vince l'ultimo dichiarato. Quindi premi CTRL-U sul browser, trova l'ultimo file .css caricato dalla cartella del template, e modifica quello. Magari fatti un regalo: disabilita la cache dei file .css da .htaccess finché non hai finito. Oppure aggiungi un parametro es.
<link href="css/miostyle.css?random=7127" />
così sei sicuro di usare l'ultima versione.
Non posso purtroppo salvarti sul template; ma posso suggerirti, lavora in locale, su una macchina lamp di sviluppo, magari con virtualmin (ora è anche compatibile con ubuntu 14), magari con un buon ide (netbeans, eclipse) oppure almeno un editor decente (sublime text, kate). Gli strumenti fanno tanto.
Poi configurateli come dio comanda. xdebug, e la possibilità di fare trace e step nel codice... impagabili.
Ricorda: google è tuo amico.