Allora ho provato a fare l'aggiornamento con un altro sito, sempre sul server che gestisco, risultato stesso problema.
A questo punto ho installato un 2.5.28 nuovo senza farci nessuna modifica, ho provato l'aggiornamento alla versione 3 ed è andato tutto bene.
Di conseguenza escluderei problemi al server, giusto?
Che il problema sia legato a qualche componente, i due con cui ho provato non hanno molti componenti, e non sono pesanti, ho provato con loro per questo motivo.
In comune hanno jce, phocagallery, phocadownload, xmap ed alcuni pluginn, che dipenda da loro visto che l'errore si ripete uguale in locale??