non devi sovrascrivere il db.
Allora fai una copia di backup dei files sul server:
1) accedi al tuo server con filezilla
2) copi le cartelle di joomla in un'area sicura.
3) accedi al tuo database con phpMyAdmin ed esegui il back up. Qui guarda un po' su internet come fare i passaggi sono relativamente semplici, ma è meglio avere delle immagini di supporto.
Fatto questo scarica la nuova versione di joomla dal sito joomla.it, il file è zippato, lo scompatti e carichi sul server tutto il contenuto dello zip tranne la cartella installation.