Vediamo se ho capito quello che volevi fare... dal lato amministrazione selezioni tutti i menù che vuoi mostrare nella mappa, poi ovviamente in un menù, che apparirà al pubblico sul sito, metti un link che ti manda alla mappa, però su tutti i link visualizzati agli utenti nella mappa non vuoi che la voce "Mappa del sito" (per fare l'esempio) ti compaia, giusto??
Allora, una volta selezionati i menù nell'amministrazione, se vai nella mappa sul sito (non dal pannello amministratore di Joomla!) vedrai tutti i link alle voci di menù, ai componenti, agli articoli ecc... ora, se visualizzi la pagina del sito come semplice visitatore, ti appariranno solamente le varie voci mappate, ma se dal lato pubblico (frontend) entri logandoti come amministratore, accanto ad ogni voce troverai dei segni di spunta verdi... cliccando sulle singole spunte potrai deselezionare tutte le voci che non vorrai far apparire ai visitatori!! Da quello che posso aver capito, evidentemente con le versioni precedenti di Xmap si selezionavano le voci da mostrare nella mappa dal lato amministratore... con questa invece si interviene direttamente dal lato pubblico accedendo come amministratore...