si, è strano.
Ho provato a vedere se riuscivo a replicare il tuo errore ma aggiornando una 3.4.0 alla 3.4.1 il messaggio di log mi appare corretto:
2015-03-24T12:05:25+00:00 INFO 127.0.0.1 update Aggiornamento avviato dall'utente Super User (571). La vecchia versione è 3.4.0.
2015-03-24T12:05:26+00:00 INFO 127.0.0.1 update Scaricamento file di aggiornamento da
https://github.com/joomla/joomla-cms/releases/download/3.4.1/Joomla_3.4.x_to_3.4.1-Stable-Patch_Package.zip.
2015-03-24T12:05:29+00:00 INFO 127.0.0.1 update File Joomla_3.4.x_to_3.4.1-Stable-Patch_Package.zip scaricato correttamente.
2015-03-24T12:05:29+00:00 INFO 127.0.0.1 update Inizio installazione della nuova versione.
2015-03-24T12:05:30+00:00 INFO 127.0.0.1 update Conclusione installazione.
2015-03-24T12:05:30+00:00 INFO 127.0.0.1 update Eseguita query dal file 3.4.0-2015-02-26. Testo query: INSERT INTO `#__postinstall_messages` (`extension_id`, `title_key`, `description.
2015-03-24T12:05:30+00:00 INFO 127.0.0.1 update Eliminazione di file e cartelle rimosse.
2015-03-24T12:05:32+00:00 INFO 127.0.0.1 update Pulizia post installazione.
2015-03-24T12:05:32+00:00 INFO 127.0.0.1 update L'aggiornamento alla versione 3.4.1 è completato.