Fammi capire bene, tu utilizzi jpack per il backup e fin qui ci siamo...
Il sistema ti crea un file zip di tutto il contenuto dello spazio web (se non hai installata l'ultima versione che permette la scelta delle cartelle funzionava così)., e anche qui ci siamo...
Tu in locale lo scompatti e poi......


?
cosa ricarichi sul server?
Lo zip e tenti di decompimerlo (cosa che non credo sia possibile su server jhost)
...oppure ricarichi le cartelle singolarmente?