Certo che influisce, ma in modo positivo però.
Joomla per funzionare correttamente in modalità multilingua necessita di avere un menu per ogni lingua che vuoi ospitare, più un menu per tutte le lingue, sarà Joomla stesso ad aggiungere alle url il suffisso o prefisso, a seconda che tu abbia o meno abilitato le impostazione di mod rewrite, della relativa lingua, quindi it per l'italiano, en per l'inglese, fr per il francese, ecc, ecc.
Questo influisci ma positivamente nel posizionamento sui motori perchè gli algoritmi di Google fanno una cosa che si chiama "match", ossia controllano la url della pagina e "leggono" il contenuto, quindi definire se it e poi mettere un contenuto in italiano è corretto, mettere en e poi metterlo in una lingua differente, penalizza.
Però il discorso SEO è una cosa infinita, fare SEO significa adottare una serie di strategie che mirano a farti apparire in modo corretto nelle SERP, non è "solo" l'url il problema, ci sono siti senza amichevoli eppure sono primi nelle SERP.
Certo partire col piede giusto, ti aiuta :-)
