Ciao
io inizierei a giocare magari in locale con Joomla per capire il più possibile come funziona e quali sono le sue notevoli potenzialità. Ci sono molte possibilità per quanto riguarda i template e i framework (che ti permettono di costruirti il template come meglio credi Gantry, T3 etc).
Contemporaneamente sarebbe opportuno che tu partissi da un progetto ben definito del tuo sito e delle sue finalità.
Fuori standard direi che non esiste, al massimo il template può avere una struttura grafica che non si confà esattamente ai tuoi intenti ma con un minimo di conoscenza che puoi sviluppare studiando puoi ovviare alla maggior parte dei "problemi" che potresti incontrare.
Le posizioni e i nomi delle stesse generalmente variano, questo implica solo che dovrai eventualmente riposizionare i vari elementi ma nulla di esageratamente complicato.
Questo forum è una risorsa fondamentale di formazione, penso che il 99% delle domande che ti porrai qui ha già trovato una risposta più che esauriente almeno per quanto riguarda ciò che non è a pagamento.
Quindi, personalissima opinione, niente paura, installa e buttati dentro, fai prima a nuotare che a chiederti quanto è profonda l'acqua.
In bocca al lupo e buon lavoro