...finalmente uno che capisce senza maledire chi gli risponde perchè non gli da una soluzione bell' e pronta...
potresti fare una cosa più semplice, anche se a me non piace molto come sicurezza, e cioè usare per entrambi un autenticazione esterna.
Dovrebbe esistere qualcosa nella jed che ti permette di accedere ad un sito con l'auth di Facebook (es) ...o di google...
Per fare quello che volevi tu all'inizio non è impossibile solo che oltre che da pensare è da progettare per bene... così su due piedi non saprei come fare credo che penserei ad un sistema che quando mi registro su un sito, in realtà, mi sto registrando su entrambi.
Serve però un proxi, una richiesta con Curl ad un plugin sviluppato ad hoc e che va installato su entrambi i siti (non sai su quale uno si registra quindi la funzionalità devono averla entrambi)
Il server è "ignorante", non è capace di riconoscere univocamente da chi vengono le richieste, nemmeno se vengono dallo stesso ip, per questo si usano le sessioni. Ma le sessioni appartengono al server su cui sono aperte, da un altro server non riesci a passarla... ti servirebbe un cookie... ma usare un cookie per autenticarsi è sconsigliabile perchè è facilmente "rubabile". (...e poi anche il cookie appartiene al dominio che l'ha creato)
Comunque ti dovresti autenticare sia su uno sia sull'altro.
PS è consigliabile siano entrambi Joomla