Nel senso che il sistema mi segnala che la cartella è stata protetta con user-id e password, posso vedere anche l'utente che ho assegnato, però di entrare nel backend attraverso il login form dell'area amministrativa e successivamente mediante il login form di joomla non c'è verso. Se invece disabilito gli url sef e rimetto a posto il file htaccess.txt ecco che magicamente riesco ad accedere all'area amministrativa prima e al pannello di joomla poi senza problemi.
Ho aperto un ticket col provider e la risposta è stata di rinominare .htaccess a htaccess.txt (Sigh e Sic!) ma così i link mi danno tutti il 404. perchè per l'appunto è attiva la riscrittura url sef.