Presumo che abbia sovrascritto solamente ed il db non è stato modificato. prova o a rifare l'aggiornamento prendendo quello da 2.5.x a 2.5.28 oppure a verificare la integrità del db ed eventualmente a correggerlo, prima però svuota ogni cache di joomla, anche del browser.
Altrimenti se non trovi riscontro significa che ha preso il giusto pacchetto e non quello che hai linkato, in tal caso dovresti aggiornare anche cb all'ultima versione. Comunque puoi verificare prima di cancellare la cache cosa hai nella cartella tmp.