le posizioni sono create attraverso codice php, il css serve solo per dargli forma e colore.
Questo codice è inserito nel file index.php del template, ma c'è template e template; questo vuol dire che non è così per tutti i template. Ad esempio i template basati su framework tipo gantry, T3 o altro, hanno quelle stringhe di codice radicato altrove, una volta "li" un'altra "qua" e un'altra ancora "altrove".
Per capire come muoverti vai nel sito delllo sviluppatore del template che usi, questi infatti rilasciano sufficienti informazioni per effettuare modifiche, sia sotto forma di discussioni/forum sia sotto forma di guide /istruzioni.