quello che chiedete non è una di quelle cose che si risolve con un tocca "li" pigia "su" scrivi "pippo"
Il lavoro che vi state accingendo a fare è qualcosa di non troppo complicato, ma che però necessita di un pò di competenze.
I dati non li perdi...se la migrazione va a buon fine, quindi un backup è obbligatorio
la configurazione andrà persa, perchè la versione di VM che gira su joomla è completamente diversa da quella che gira su j2.5.
Scordati anche che ammennicoli per migrazioni con tool a pagamento vi possono risolvere la questione perchè temo buttereste via soldi.
Di guide purtroppo non ne esistono
L'unico consiglio che posso darvi è quello di riprodurre il sito productive in uno spazio web diverso, magari becappando con akeeba e ripristinando sempre con akeeba, poi aggiornando joomla e una volta aggiornato provare a installare vm per joomla 3.x.
Non uso VM, non più per fortuna, quindi non so come è fatto la versione per j3.x, ma se è come penso potrebbe esserci un tool al suo interno che vi permette di recuperare i prodotti.