avrai usato un prefisso di tabelle diverse, quindi troverai alcune tabelle tipo
xywk_nome_tabella
e
abcj_nome_tabella
tu elimini le tabelle usate nel sito dentro una cartella (sito dentro il sito è un'altra cosa)
come capire quale tabelle eliminare, quella con il prefisso A o quelle con il prefisso B?
vai nel sito "buono" in configurazione globale e li vedrai esattamente il suffisso o prefisso delle tabelle: quelle che hanno lo stesso prefisso non devono essere eliminate.
fai attenzione che un tizio nelle tue stese condizioni ha fatto un gran macello ed è li ancora a ricostruire il sito maledicendo il giorno che ha deciso di eliminare il vecchio db.
Quindi meglio un backup del database per sicurezza prima di giocare a "taglia e cuci"