Ciao,
gli override sono fatti proprio per non perdere le modifiche quando aggiorni.
Certo che se aggiorni il template e ci sono quei files, te li sovrascrive. Quindi meglio se comunque te ne tieni una copia da parte.
Visto che ce l'hai già, devi giocare un pochino per capire dove si trova il pezzo di codice che ti interessa e poi lo sposti dove meglio credi, vedrai che è abbastanza semplice.
Ciao!