Io non faccio come te ma così:
Installo la nuova versione di joomla in una sottocartella, poniamo new.
Tengo il nuovo sito offline e ci lavoro, o ci lavoriamo se ci mettiamo mano in più di una persona.
Quando ho finito, sposto il vecchio sito dalla root a una nuova sottocartella poniamo old e lo metto offline.
Mi serve tenerlo per poter fare eventuali confronti e prendermi ancora dei contenuti scordati.
Sposto il nuovo sito dalla sottocartella new alla root.
Cambio due percorsi nei due file di configuration dei due siti aggiungendo nel primo la cartella old e togliendo dal secondo la cartella new.
Metto online il nuovo sito