Io ho fatto aggiornamento manuale (previo backup) in una sottodirectory. Non ho esperienza di aggiornamento tramite estensioni.
Comunque l'aggiornamento provvede ad aggiornare Joomla e non le estensioni.
Dovresti quindi farti una check list con tutte le estensioni installate, verificare se vanno bene anche per la versione 3 se no scaricare quelle per la 3 e reinstallarle dopo l'aggiornamento.