Ciao Ilarialla,
sì, è vero con Acymailing viene richiamato l'url non SEO ma questo non ha nessuna importanza anche se hai il SEO attivo, il percorso viene riconosciuto ugualmente.
Il problema è che l'url che metti non SEO non è l'url SEO. Ad esempio perché hai la lingua lang=it-IT? Normalmente non c'è negli url non SEO. Hai attivato il plugin System - Language Filter?
Non so darti una soluzione, solo dirti che il problema probabilmente è da cercare nella scrittura degli url, non in Acymailing.
Io ho la versione free, se tu hai quella PRO devi chiedere a loro, immagino forniscano assistenza che qui non possiamo comunque dare per le estensioni a pagamento.