A parte il riferimento delle cartelle tmp e log in configuration.php e qualche banner che puntavano verso il sito stesso, non c'era niente altro, a meno che non sia sfuggito qualcosa.
In ogni caso senza "Attiva URL SEF" il sito funziona, quindi non è un problema di link.
O c'è una cache, o è l'htaccess cambiato da qualche componente, oppure non capisco.
Nell'htaccess del sottodominio c'è solo la riga del redirect 301 alla cartella.
Quello della cartella non mi sembra ci sia nulla di strano, a meno di non sbagliarmi.
## Mod_rewrite
RewriteEngine On
RewriteBase /
## Begin - Rewrite rules to block out some common exploits.
RewriteCond %{QUERY_STRING} base64_encode[^(]*\([^)]*\) [OR]
RewriteCond %{QUERY_STRING} (<|%3C)([^s]*s)+cript.*(>|%3E) [NC,OR]
RewriteCond %{QUERY_STRING} GLOBALS(=|\[|\%[0-9A-Z]{0,2}) [OR]
RewriteCond %{QUERY_STRING} _REQUEST(=|\[|\%[0-9A-Z]{0,2})
RewriteRule .* index.php [F]
## Begin - Joomla! core SEF Section.
RewriteRule .* - [E=HTTP_AUTHORIZATION:%{HTTP:Authorization}]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/index\.php
RewriteCond %{REQUEST_URI} /component/|(/[^.]*|\.(php|html?|feed|pdf|vcf|raw))$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule .* index.php [L]
AddHandler x-mapp-php5.5 .php
