Ciao tiamomagiraty, dipende da cosa tu vuoi fare con il sito in Joomla installato in quella directory.
Se semplicemente lo tieni lì x fare il sito e poi spostare tutto nella root principale, è una cosa che ha poco senso: puoi installare tutto nella root, lavorare con il sito noindex e bloccare il bot da file robots.
Se invece lo fai lì e lì rimane: la URL è solo uno dei fattori di ranking se il sito è fatto bene non dovresti riscontrare problemi (resta cmq che finchè non è finito è sempre meglio noindex e bloccare il bot da file robots).