Va in gestione moduli > nuovo > html personalizzato e inserisci il logo con il pulsante inserisci immagine, a destra devi scegliere in quale posizione far vedere il modulo, dovresti trovare la posizione logo.
In assegnazione menu scegli Su tutte le pagine (dovrebbe già essere così) salva il tutto.
Ora dovresti avere il tuo logo nella stessa posizione che hai ora ma all'interno di un modulo, non dimenticare di toglierlo dal template.
Per l'altro problema non so cosa dirti, sul mio cell lo slideshow si sposta correttamente sotto ai contenuti della pagina