Ciao,
per essere precisi non parlerei di inserire un sito dedicato ai clienti dentro al principale, ma bensì di creare un'area riservata alla quale avranno accesso solo gli utenti registrati.
Quindi sviluppa le pagine dedicate ai clienti, dopo di che tramite ACL dai i permessi alle stesse in modo tale che siano accessibili solo agli utenti registrati, inserisci il form per il login / registrazione e il gioco è fatto.
Così facendo potrai decidere quali pagine saranno visualizzabili solo agli utenti registrati e quali no, ma non in un ulteriore sito, sempre nello stesso, al limite se desideri dare un aspetto completamente diverso all'area riservata ai clienti puoi utilizzare un secondo template per quest'ultima.