Ciao andrearo92,
come ben specificato credo che la procedura più corretta per effettuare l'aggiornamento a Joomla 3.5 sia quella dall'apposito componente nativo di Joomla "Aggiornamento di Joomla", lo trovi molto facilmente nell'elenco dei componenti, proprio nel menu componenti. Se hai difficoltà ad individuarlo ti allego un video o una immagine.
Non ho testato la procedura articolata che hai indicato con quello script esterno, ma ti chiedo la cortesia di verificare se al termine dell'aggiornamento vengono poi effettivamente cancellati i file e le cartelle non più necessarie, questo per esempio l'elenco dell'aggiornamento da 3.4.8 a 3.5.0:
/media/com_joomlaupdate/default.js
/media/com_joomlaupdate/encryption.js
/media/com_joomlaupdate/json2.js
/media/com_joomlaupdate/update.js
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml/Dumper.php
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml/Escaper.php
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml/Inline.php
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml/LICENSE
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml/Parser.php
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml/Unescaper.php
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml/Yaml.php
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml/Exception/DumpException.php
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml/Exception/ExceptionInterface.php
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml/Exception/ParseException.php
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml/Exception/RuntimeException.php
/libraries/vendor/phpmailer/phpmailer/extras/class.html2text.php
/libraries/joomla/document/error/error.php
/libraries/joomla/document/feed/feed.php
/libraries/joomla/document/html/html.php
/libraries/joomla/document/image/image.php
/libraries/joomla/document/json/json.php
/libraries/joomla/document/opensearch/opensearch.php
/libraries/joomla/document/raw/raw.php
/libraries/joomla/document/xml/xml.php
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml/Exception
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component/Yaml
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony/Component
/libraries/vendor/symfony/yaml/Symfony
/libraries/joomla/document/error
/libraries/joomla/document/image
/libraries/joomla/document/json
/libraries/joomla/document/opensearch
/libraries/joomla/document/raw
/libraries/joomla/document/xml
Questa è una delle tante operazioni che l'aggiornamento automatico nativo di Joomla effettua.
Si, ok.... capisco che su molti hosting a basso prezzo o gratuiti e non configurati per Joomla l'aggiornamento automatico possa creare problemi a quei server, ma credo sia più semplice cambiare hosting che inventarsi procedure d'emergenza
Grazie comunque per aver condiviso la tua esperienza.