Grazie per la risposta.
Mercoledì 13/4 alle ore 17:32 e 17:34 ho creato 2 utenti dal pannello di amministrazione senza alcun problema.
Alle 17:53 ho fatto un backup della root e del DB. La notte ho provato alcuni script php per l'import massimo di utenti da file csv.
All'inizio uno di questi era andato a buon fine: aveva creato gli utenti regolarmente. Poi ho cancellato gli utenti ed ho rifatto l'import ma gli utenti venivano importati senza ID, quindi era come se non esistessero.
Ieri sera, dopo aver più volte riprovato lo script per l'import ho deciso di registrarli uno ad uno manualmente e, non appena ho creato il primo è saltato fuori l'errore indicato e mi sono accorto che l'utente veniva creato senza ID.
Stamattina ho ripristinato il DB caricato 2 giorni fa ma il problema persiste.
NON ho ricaricato tutti i files e le cartelle del backup di mercoledì, può essere una cosa utile?