Il provider in pratica sono io
i domini sono su di una VM tutta mia della quale dispongo accesso come root, in merito alle risorse il disk space è occupato per poco più di un terzo del totale, la monthly bandwidth ha un consumo di circa il 10% e comunque sia se mancassero risorse avrei riceverei una mail di warning dal WHM panel prima che si esauriscano del tutto.
Ora sto trasferendo via FTP il uno dei due siti su di un altro dominio per vedere se funge o meno, se funge allora incomincerei a sospettare dei domini in questione, ma sono propenso a pensare che non fungerà, quindi giustamente come dici tu incomincerò a fare un'esclusione selettiva delle estensioni per verificare se una di esse causa il problema.
Per intanto ti ringrazio per i consigli, fa sempre piacere non sentirsi soli con i propri problemi
